Είναι η περίοδος που ξεχωρίζουν οι πόλεις της Θήβας και του Ορχομενού, που ήδη από τα Μυκηναϊκά χρόνια κυριαρχούσαν στη Βοιωτία και συνήθως ανταγωνίζονταν. Μετά την αποδυνάμωση όμως του Ορχομενού, λόγω πλημμύρας στο Κωπαϊδικό πεδίο, όλες οι Βοιωτικές πόλεις σχημάτισαν το κοινό των Βοιωτών με βουλευτήριο στην Ογχηστό, όπου με δημοκρατικές ψηφοφορίες συναποφάσιζαν τις κοινές τους κινήσεις για το ομαδικό συμφέρον. Εκείνη την περίοδο αναδείχθηκαν σπουδαίοι και επιφανείς άνδρες, όπως ο Ησίοδος, ο Πίνδαρος και η Ταναγραία ποιήτριαΚόριννα.
Οι πληροφορίες για την περίοδο αυτή διεσώθησαν από τους Αθηναίους ιστοριογράφους οι οποίοι με μελανά γράμματα περιγράφουν το «μηδισμό» της Θήβας. Για τη στάση τους αυτή μετά το τέλος του πολέμου τιμωρήθηκαν από τους υπόλοιπους Έλληνες, που απαίτησαν την παράδοση της πόλης. Συνέλαβαν τους προύχοντες και τους σκότωσαν χωρίς δίκη, αποδεικνύοντας ότι ο μηδισμός ήταν έργο των λίγων, που τον επέβαλαν στο λαό. Μετά την μάχη των Πλαταιών οι Θηβαίοι για περίπου δέκα χρόνια ήταν υπό τον ζυγό των Αθηναίων. Στα επόμενα χρόνια προσπαθούν να απαλλαγούν από την αθηναϊκή κηδεμονία και συμμαχούν με τους Σπαρτιάτες. Μετά την μάχη της Κορώνειας το 446 π.Χ. η Θήβα αποκτά ιδιαίτερη αίγλη στον ελλαδικό χώρο.
Την περίοδο του πελοποννησιακού πολέμου, που κράτησε 27 χρόνια, η Θήβα τάχθηκε με το μέρος της Σπάρτης και παρέμεινε στο πλευρό της, προκειμένου να απαλλαγεί από το φόρο υποταγής που πλήρωναν οι Θηβαίοι στους Αθηναίους. Μετά το τέλος του πολέμου συμμάχησαν με τους Αθηναίους, γιατί δεν είχαν τις απολαβές που περίμεναν, από τους συμμάχους τους νικητές Σπαρτιάτες. Στην αρχή της περιόδου αυτής (404 - 338 π.Χ.) έκαναν πολλούς αγώνες ενάντια στους Σπαρτιάτες, όπου πάντα νικούσαν οι Θηβαίοι. Αποφασιστική ήταν η σύγκρουση των δύο πόλεων σταΛεύκτρα το 371 π.Χ., που κατέληξε σε συντριβή των Σπαρτιατών. Η σημαντική νίκη των Θηβαίων οφειλόταν στη στρατηγική μεγαλοφυΐα τουΕπαμεινώνδα, που εφάρμοσε με επιτυχία το σύστημα της λοξής φάλαγγας, και την ανδρεία του Ιερού Λόχου που είχε οργανώσει και διοικούσε οΠελοπίδας. Για εννέα περίπου χρόνια μετά τη μάχη των Λεύκτρων, η Θήβα γίνεται η πρώτη δύναμη στην Ελλάδα. Στη συνέχεια διατηρεί την ηγεμονία της στο χώρο της Βοιωτίας μέχρι την κάθοδο των Μακεδόνων.
Μετά τη μάχη της Χαιρώνειας (338 π.Χ.) και τη συντριβή των Βοιωτών και των Αθηναίων από τον Φίλιππο, οι Θηβαίοι έχασαν την ηγεμονία τους στο βοιωτικό χώρο. Οι Ιερολοχίτες ενταφιάστηκαν σε ομαδικό τάφο (το Πολυάνδριο, στο σημείο όπου σκοτώθηκαν και επάνω στήθηκε μαρμάρινο λιοντάρι. Στη Θήβα επιβλήθηκε ολιγαρχικό πολίτευμα και στην Καδμεία εγκαταστάθηκε μακεδονική φρουρά. Στην προσπάθειά τους να απαλλαγούν από την φρουρά, οι Θηβαίοι ηττήθηκαν και ακολούθησε ισοπέδωση της πόλης και εξανδραποδισμός των κατοίκων. Μόνο η οικία του μεγάλου Θηβαίου λυρικού ποιητή Πίνδαρου σώθηκε της καταστροφής, με εντολή του Μ. Αλεξάνδρου. Η πόλη ξαναχτίστηκε το 316 π.Χ. από τον Μακεδόνα βασιλιά Κάσσανδρο.